Anteriormente desarrollamos el simulador de reacciones bioquímicas WinBEST-KIT. En los últimos años, el interés de investigación ha pasado del análisis de reacciones bioquímicas individuales al análisis de vías metabólicas como sistemas. Estas vías metabólicas a gran escala y complicadas pueden considerarse como estructuras características de múltiples capas, que, por conveniencia, se separan de los sistemas biológicos completos según sus roles específicos. Estas vías incluyen reactantes que tienen el mismo nombre pero con coeficientes estequiométricos únicos dispuestos en muchos lugares diferentes y conectados entre capas arbitrarias. Por lo tanto, en este estudio, hemos desarrollado una nueva versión de WinBEST-KIT que permite a los usuarios (1) utilizar símbolos de acceso directo que pueden disponerse con múltiples reactantes que tienen el mismo nombre pero con coeficientes estequiométricos únicos, proporcionando así un diseño similar a las vías metabólicas representadas en los libros de bioquímica; (2) crear capas que dividen las vías metabólicas a gran escala y complicadas según sus roles específicos; (3) conectar las capas mediante el uso de símbolos de acceso directo; y (4) analizar las interacciones entre estas capas. Estas características nuevas y existentes permiten a los usuarios crear y analizar eficientemente vías metabólicas de múltiples capas. Además, WinBEST-KIT soporta SBML, lo que permite a los usuarios utilizar estas características nuevas y existentes para crear y publicar modelos SBML.