Las etiquetas de afinidad se han convertido en poderosas herramientas, desde la investigación biológica básica hasta la proteómica estructural y funcional. Se han utilizado ampliamente para facilitar la purificación y detección de proteínas de interés, así como la separación de complejos proteicos. Aquí se discuten principalmente las ventajas e inconvenientes de varias etiquetas de afinidad o epítopo de uso frecuente, incluyendo la etiqueta hexahistidina, la etiqueta FLAG, la etiqueta Strep II, la etiqueta péptido de unión a estreptavidina (SBP), el péptido de unión a calmodulina (CBP), la glutatión S-transferasa (GST), la proteína de unión a maltosa (MBP), la etiqueta S, la etiqueta HA y la etiqueta c-Myc. En algunos casos, una etiqueta de afinidad de gran tamaño, como la GST o la MBP, puede afectar significativamente a la estructura y la actividad biológica de la proteína de fusión asociada. Por ello, suele ser necesario eliminar la etiqueta mediante una proteasa. Las endopeptidasas más utilizadas son la enteroquinasa, el factor Xa, la trombina, el virus del grabado del tabaco y la proteasa 3C del rinovirus humano. Se describen las características de proteólisis de estas proteasas con el fin de proporcionar una orientación general sobre la eliminación proteolítica de las etiquetas de afinidad.