Los microorganismos desempeñan un papel importante en la reducción de contaminantes orgánicos e inorgánicos en los humedales construidos utilizados para el tratamiento de aguas residuales. Sin embargo, la diversidad y la estructura de la comunidad microbiana en los sistemas de humedales construidos siguen siendo poco conocidas. En este estudio, se utilizó la secuenciación Illumina MiSeq de 16S rDNA para analizar las estructuras de las comunidades microbianas bacterianas y arqueas del suelo y el agua en un humedal construido de flujo superficial libre, y se compararon las diferencias de las comunidades bacterianas y las composiciones arqueas entre el suelo y el agua. Los resultados mostraron que las Proteobacterias eran las bacterias dominantes, constituyendo el 35,38%~48,66% de abundancia relativa. Las euriarqueas fueron las arqueas absolutamente dominantes en la muestra afluente, con una abundancia relativa del 93,29%, mientras que las taumareas mostraron su dominio en las otras tres muestras, constituyendo el 50,58%~75,70%. Las abundancias relativas de las diferentes especies mostraron grandes cambios en las bacterias y las arqueas, y el número de especies dominantes en las bacterias fue mucho mayor que en las arqueas. En comparación con las arqueas, la composición de la comunidad de bacterias era más abundante y los cambios eran más significativos. Por otra parte, las bacterias y las arqueas presentaban grandes diferencias de composición entre el agua y el suelo. La riqueza microbiana en el agua era significativamente mayor que en el suelo. Al mismo tiempo, el suelo tuvo un efecto de enriquecimiento significativo en algunas floras microbianas.