Una dieta baja en FODMAP (oligosacáridos fermentables, disacáridos, monosacáridos y polioles) permite a la mayoría de los pacientes con síndrome del intestino irritable (SII) controlar sus síntomas gastrointestinales evitando alimentos que contienen FODMAP, como cebollas, legumbres y productos elaborados con trigo o centeno. El inconveniente de una dieta baja en FODMAP es la reducción en la ingesta de fibra dietética. La aplicación de masas madre, con propiedades metabólicas específicas que apuntan a los FODMAP, en la elaboración de pan integral puede ayudar a reducir notablemente el contenido de FODMAP en el pan sin afectar el contenido de fibra dietética fermentada lentamente y bien tolerada. En esta revisión, describimos el metabolismo de los FODMAP en masas madre convencionales y esbozamos conceptos relacionados con el metabolismo de fructanos y manitol que permiten el desarrollo de pan de masa madre bajo en FODMAP. También resumimos estudios clínicos en los que se probó el efecto de un pan de masa madre de centeno bajo en FODMAP pero rico en fibra en la fermentación intestinal y los síntomas gastrointestinales, con resultados muy prometedores. El proceso de elaboración de pan de masa madre ofrece una forma de desarrollar productos de panadería naturales y ricos en fibra baja en FODMAP para pacientes con SII y así ayudarles a aumentar su ingesta de fibra dietética.