La determinación precisa del origen de los productos del mar es crucial para la confianza y seguridad del consumidor. Este estudio se realizó para desarrollar una técnica de análisis de polimorfismo de nucleótido único (SNP) basada en aprendizaje automático para determinar el origen de especies en productos de camarones pequeños salados. El análisis de ADN mitocondrial (COI y ARNr 16S) reveló variaciones genéticas entre especies y orígenes. Se identificaron ocho SNP candidatos, seis de los cuales se convirtieron en marcadores para el análisis de genotipos. Utilizando los marcadores desarrollados, se creó un array de SNP y se obtuvieron datos de SNP de muestras de camarones pequeños salados. El análisis de aprendizaje automático utilizando un algoritmo de aprendizaje supervisado logró una precisión del 100% en la clasificación del origen basada en los datos de SNP. Este método ofrece un método confiable para que los organismos reguladores combatan el fraude alimentario y garanticen la integridad del producto. El enfoque puede mejorarse aún más al expandir el conjunto de datos para abarcar una gama más amplia de especies y orígenes. Este estudio destaca el potencial del análisis de SNP y el aprendizaje automático para garantizar la autenticidad de los productos del mar y promover prácticas sostenibles.