En esta investigación, se presentó un nuevo enfoque para la inactivación de enzimas en la harina mediante tecnología supercrítica, considerada una tecnología sostenible con menor consumo energético en comparación con otras tecnologías que utilizan procesamiento a ultra alta temperatura. Se determinó la concentración total de proteínas y la actividad de las enzimas alfa-amilasa, lipasa, peroxidasa, polifenol oxidasa y proteasa en la harina pretratada con scCO. Durante el estudio, se observó que la actividad de enzimas como la lipasa y la polifenol oxidasa se redujo significativamente bajo ciertas condiciones de tratamiento con scCO, mientras que las enzimas alfa-amilasa y proteasa mostraron una mejor estabilidad. En particular, la polifenol oxidasa se inactivó efectivamente por debajo del 60% de la actividad preservada a 200 bares y 3 h, mientras que la alfa-amilasa bajo las mismas condiciones mantuvo su actividad. Además, el contenido de humedad de la harina de espelta tratada con scCO se redujo en un 5%, y el contenido de grasa se redujo en un 58%, manteniendo la calidad de la harina tratada con scCO. En este sentido, el proceso sostenible con scCO podría ser una herramienta valiosa para controlar la actividad enzimática de la harina de espelta, ya que el uso de la tecnología scCO tiene un efecto positivo en la calidad de la harina, lo que fue verificado por el rendimiento de horneado de la harina de espelta con el pan de espelta horneado como indicador de calidad.