La serviola (Seriola dumerili) está distribuida en aguas tropicales y templadas de todo el mundo y es un importante pez de acuicultura. Hemos llevado a cabo la secuenciación de novo del genoma de la serviola para construir una secuencia genómica de referencia que permita identificar polimorfismos de nucleótido único (SNPs) para la cría de serviola mediante selección asistida por marcadores o por genes, así como para identificar genes funcionales para rasgos biológicos. Obtuvimos una cobertura de 200 veces y construimos un ensamblaje genómico de alta calidad utilizando la tecnología de secuenciación de nueva generación. Las secuencias ensambladas se alinearon en un mapa físico de híbridos de radiación (RH) de rabil (Seriola quinqueradiata) por homología de secuencia. Un total de 215 de las secuencias más largas de seriola, con una longitud total de 622,8 Mbp (92% de la longitud total de los andamiajes del genoma), se alinearon en el mapa RH de seriola. Volvimos a secuenciar los genomas completos de 20 serviolas mayores y trazamos las secuencias resultantes en la secuencia del genoma de referencia. Alrededor de 186.000 SNPs no redundantes se ordenaron con éxito en el genoma de referencia. Además, encontramos diferencias en las variaciones estructurales del genoma entre dos poblaciones de serviola mayor utilizando BreakDancer. También se analizó el transcriptoma del serviola y se mapearon las secuencias anotadas en la secuencia del genoma de referencia.