El pulque es una bebida que ha sido preparada en México desde tiempos prehispánicos a partir de la savia fermentada de más de 30 especies de agaves silvestres y domesticados. Realizamos estudios en dos comunidades del estado de Michoacán, en el centro-occidente de México, donde documentamos su preparación tradicional y analizamos la relación entre las condiciones de preparación y la composición y dinámica de las comunidades microbiológicas, así como las características físicas y químicas de la bebida. En una de las comunidades, Santiago Undameo (SU), las personas hierven la savia antes de inocularla con inóculo de pulque; esta acción hace que este pulque local sea más dulce, menos ácido y más pobre en diversidad de bacterias y levaduras que en la otra comunidad, Tarímbaro (T), donde la savia de agave no se hierve y donde el pulque tiene más diversidad de microorganismos que en SU. El manejo de la fermentación, en particular la ebullición de la savia de agave, influye en la dinámica y diversidad de las comunidades microbianas en la bebida.