La yuca sirve como alimento básico principal para más de mil millones de personas en todo el mundo. La calidad de la harina de yuca se ve notablemente afectada por la oxidación y deterioro de los lípidos durante el almacenamiento. A pesar de su importancia, la composición lipídica de la harina de yuca y sus alteraciones a lo largo de los periodos de almacenamiento no han sido estudiadas extensamente. Este estudio ofrece un análisis lipídomico integral de la harina de yuca durante los periodos de almacenamiento utilizando cromatografía líquida-espectrometría de masas/masas (LC-MS/MS). Los resultados mostraron que se identificaron 545 lípidos de cinco clases y 27 subclases en la harina de yuca, incluyendo sustancias clave como ácidos grasos libres (36 especies), diglicéridos (DGs) (31 especies) y triglicéridos (TGs) (259 especies). Utilizando Metware Cloud para análisis estadístico, se observaron variaciones significativas en 50 especies de lípidos durante el almacenamiento a largo plazo, reflejando cambios en los perfiles lipídicos debido al almacenamiento. Estos lípidos se correlacionan con siete vías metabólicas, entre las que el metabolismo de glicerolípidos es el más afectado. Los metabolitos asociados con estas vías pueden diferenciar la harina de yuca según la duración del almacenamiento. Este estudio proporciona una base teórica y parámetros de tecnología de almacenamiento para los cambios lipídicos durante el almacenamiento de harina de yuca.