Localización precisa de los sitios de integración de dos islas genómicas con resolución de un solo nucleótido en el genoma de Bacillus cereus ATCC 10987
Autores: Ren, Zhang; Chun-Ting, Zhang
Idioma: Inglés
Editor: Hindawi Publishing Corporation
Año: 2008
Acceso abierto
Artículo científico
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Subcategoría
Biología
Palabras clave
Bacillus cereus ATCC
islas genó
micas
BCEGI-1
ví
a TnsABC D
transposones bacterianos Tn7
perfil GC acumulativo
BCEGI-2
ORF BCE4594
ví
a TnsABC E
aná
lisis comparativo&period
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Consultas: 21
Citaciones: Sin citaciones
Hemos identificado dos islas genómicas, a saber, BCEGI-1 y BCEGI-2, en el genoma de Bacillus cereus ATCC 10987, basándonos en un análisis comparativo con Bacillus cereus ATCC 14579. Además, utilizando el perfil GC acumulativo y realizando búsquedas de homología entre los dos genomas, se determinaron los sitios de integración de las dos islas genómicas con una resolución de un solo nucleótido. BCEGI-1 se integra entre 159705 pb y 198000 pb, mientras que BCEGI-2 se integra entre el final del ORF BCE4594 y el inicio de la secuencia intergénica inmediatamente posterior a BCE4626, es decir, entre 4256803 pb y 4285534 pb. El BCEGI-1 alberga dos transposones bacterianos Tn7, que tienen dos conjuntos de genes que codifican TnsA, B, C y D. Generalmente se cree que, a diferencia de la vía TnsABC E, la vía TnsABC D sólo promovería la transmisión vertical a las células hijas. Sin embargo, las pruebas presentadas en este trabajo sugieren un papel de la vía TnsABC D en la transferencia horizontal de algunas islas genómicas.
Descripción
Hemos identificado dos islas genómicas, a saber, BCEGI-1 y BCEGI-2, en el genoma de Bacillus cereus ATCC 10987, basándonos en un análisis comparativo con Bacillus cereus ATCC 14579. Además, utilizando el perfil GC acumulativo y realizando búsquedas de homología entre los dos genomas, se determinaron los sitios de integración de las dos islas genómicas con una resolución de un solo nucleótido. BCEGI-1 se integra entre 159705 pb y 198000 pb, mientras que BCEGI-2 se integra entre el final del ORF BCE4594 y el inicio de la secuencia intergénica inmediatamente posterior a BCE4626, es decir, entre 4256803 pb y 4285534 pb. El BCEGI-1 alberga dos transposones bacterianos Tn7, que tienen dos conjuntos de genes que codifican TnsA, B, C y D. Generalmente se cree que, a diferencia de la vía TnsABC E, la vía TnsABC D sólo promovería la transmisión vertical a las células hijas. Sin embargo, las pruebas presentadas en este trabajo sugieren un papel de la vía TnsABC D en la transferencia horizontal de algunas islas genómicas.