El objetivo de este trabajo fue evaluar la actividad antifúngica y antioxidante de aceites esenciales y extractos etanólicos de subproductos sólidos destilados de plantas aromáticas (, , , y ) contra 14 cepas de hongos aisladas de queso de oveja e identificadas a nivel de especie utilizando el análisis de secuencia de beta-tubulina basado en la secuencia de ADN. Además, se analizó la capacidad de los hongos para producir ocratoxina A, patulina, ácido ciclopiazónico y esterigmatocistina. De los aislados, el 85.7% pertenecían a (. /, . ) y el 14.3% a (. y . ), siendo la primera vez que se encuentran estas especies en el queso de oveja. Todos los aislados de . eran productores de ácido ciclopiazónico, y las dos cepas producían esterigmatocistina, pero los otros no producían ninguna micotoxina probada. Entre los aceites esenciales probados, el orégano, el ajedrea y el estragón mostraron una significativa actividad antifúngica contra todas las cepas aisladas, pero ningún extracto etanólico mostró actividad antifúngica. En cambio, los extractos etanólicos mostraron un gran potencial como antioxidantes. La identificación de nuevos mohos en el queso ayudará a la industria láctea a conocer más sobre esos mohos que afectan al sector, y el uso de plantas aromáticas en el control del deterioro fúngico podría ser una alternativa adecuada a conservantes químicos utilizados en la industria agroalimentaria.