Los mecanismos de retención que intervienen en la cromatografía de fluidos supercríticos (SFC) están influidos por parámetros interdependientes (temperatura, presión, composición química de la fase móvil y naturaleza de la fase estacionaria), una complejidad que hace que la selección de una fase estacionaria adecuada para una separación dada sea un paso difícil. Por primera vez en estudios de SFC, se empleó el Análisis Factorial Paralelo (PARAFAC) para evaluar el comportamiento cromatográfico de ocho fases estacionarias diferentes en una amplia gama de condiciones cromatográficas (temperatura, presión y composición de elución del gradiente). Se utilizó el diseño de experimentos para optimizar los experimentos con 14 compuestos farmacéuticos presentes en muestras biológicas y/o medioambientales y con propiedades fisicoquímicas disímiles. Los resultados mostraron la superioridad de PARAFAC para el análisis de la matriz de datos de tres vías (columna × fármaco × condición) sobre el despliegue de la matriz multidireccional a matrices y la realización de varios análisis clásicos de componentes principales. Gracias a los componentes PARAFAC, la similitud en la función de las columnas, la tendencia cromatográfica de los fármacos y la correlación entre las condiciones de separación pudieron representarse de forma sencilla: las columnas se agruparon según sus fuerzas de enlace H, mientras que la composición del gradiente fue dominante para la clasificación de las condiciones. Además, el número de fármacos pudo reducirse eficazmente para la clasificación de las columnas, ya que algunos de ellos mostraban un comportamiento similar, como demostró la agrupación jerárquica basada en los componentes PARAFAC.